Sau khi cài đặt, Kaspersky Endpoint Security sẽ thêm chứng chỉ Kaspersky vào kho lưu trữ dành cho các chứng chỉ được tin tưởng của hệ thống (kho chứng chỉ Windows). Kaspersky Endpoint Security sẽ sử dụng chứng chỉ này để quét các kết nối được mã hóa. Kaspersky Endpoint Security cũng thêm việc sử dụng kho lưu trữ hệ thống các chứng chỉ được tin tưởng vào Firefox và Thunderbird để quét lưu lượng của các ứng dụng này.
Các thành phần Kiểm soát Web, Bảo vệ mối đe dọa thư điện tử và Bảo vệ mối đe dọa web có thể giải mã và quét lưu lượng mạng được truyền tải qua các kết nối mã hóa sử dụng các giao thức sau: